鮭魚(yú)精DNA作為分子雜交、競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合和穩(wěn)定性研究的常用輔助試劑,其純度、濃度與儲(chǔ)存穩(wěn)定性都會(huì)直接決定實(shí)驗(yàn)的重復(fù)性和信噪比,可從以下三方面理解:
1、純度
-雜質(zhì)(蛋白、RNA、寡糖、內(nèi)毒素)會(huì)競(jìng)爭(zhēng)探針或藥物的結(jié)合位點(diǎn),導(dǎo)致背景升高、結(jié)合常數(shù)被低估。
-電泳或光譜實(shí)驗(yàn)中出現(xiàn)“拖尾”、額外吸收峰,往往提示純度<95%。
-高純度(≥95%)的鮭魚(yú)精DNA在紫外-可見(jiàn)掃描中A260/A280≈1.85、A260/A230≥2.0,可滿(mǎn)足大多數(shù)DNA-藥物相互作用、穩(wěn)定性及探針?lè)忾]實(shí)驗(yàn)的要求。
2、濃度
-作為封閉劑時(shí),常用終濃度50–200µgmL?¹;濃度過(guò)低(<20µgmL?¹)封閉不充分,膜雜交或FISH會(huì)出現(xiàn)非特異斑點(diǎn);濃度過(guò)高(>500µgmL?¹)則探針有效濃度被稀釋?zhuān)盘?hào)反而下降。
-在DNA-金屬/藥物相互作用研究中,濃度過(guò)低會(huì)使結(jié)合峰差值過(guò)小、Δε值誤差大;濃度太高又易產(chǎn)生內(nèi)濾效應(yīng),使紫外差分光譜失真。文獻(xiàn)常用1–5×10??molL?¹(以磷計(jì))作為最佳區(qū)間。
-儀器定量線(xiàn)性范圍需預(yù)先校驗(yàn):超微量分光光度計(jì)對(duì)鮭魚(yú)精DNA在5ngµL?¹–2000ngµL?¹呈理想線(xiàn)性(R²≥0.999),低于5ngµL?¹時(shí)誤差顯著增大。
3、穩(wěn)定性
-溶液狀態(tài):4℃存放不宜超過(guò)1周,-20℃分裝可保存3–6個(gè)月;反復(fù)凍融>5次會(huì)出現(xiàn)剪切降解,表現(xiàn)為粘度下降、A260升高。
-干燥粉末:避光、干燥、-20℃密封可穩(wěn)定2年以上;受潮或室溫放置1個(gè)月后,GC區(qū)易發(fā)生脫嘌呤,熱變性溫度(Tm)降低2–4℃。
-穩(wěn)定性下降會(huì)直接影響Tm值、圓二色性(CD)信號(hào)及與金屬/藥物的結(jié)合常數(shù),導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)重現(xiàn)性差。
操作建議
1、購(gòu)入后先測(cè)純度(A260/A280、A260/A230、瓊脂糖條帶完整性),不滿(mǎn)足要求時(shí)再用酚-氯仿抽提或樹(shù)脂柱純化。
2、按單次用量(如1mgmL?¹,50µL/管)分裝,-20°C避光保存;使用前65°C加熱5min快速退火,可減少聚集。
3、封閉或結(jié)合實(shí)驗(yàn)前,用0.22µm過(guò)濾除菌并測(cè)定實(shí)際濃度,以消除凍存稀釋誤差。
只要控制純度≥95%、工作濃度落在儀器/方法驗(yàn)證過(guò)的線(xiàn)性區(qū)間,并采用“分裝-冷凍-避免反復(fù)凍融”原則,鮭魚(yú)精DNA就能在雜交、封閉及相互作用研究中提供穩(wěn)定、可重復(fù)的背景。